独眼男孩久保（阿特·帕金森 Art Parkinson 配音）和身体孱弱的母亲过着相依为命的日子。白天，久保靠着给村民们讲述怪力乱神的精彩故事赚钱，天一黑，他就必须回到家中照顾母亲。一天，久保回家晚了，曾经夺走了久保一只眼睛的邪恶姐妹（鲁妮·玛拉 Rooney Mara 配音）来到久保家，企图夺走他的另一只眼睛。在混战中，久保的母亲死去了，死里逃生的久保被迫离开村庄，在外流亡。 久保得知父亲去世之前留下了一副能够保护久保不受到邪恶姐妹和其父亲月神（拉尔夫·费因斯 Ralph Fiennes 配音）侵害的盔甲，于是决定启程寻找它。路上久保偶遇了失忆巫师甲壳虫（马修·麦康纳 Matthew McConaughey 配音），甲壳虫也加入了久保的队伍中。
奥京都から逃げてきた鈴木凛（小鉄）は、かつて兄のいた東京の探偵事務所の所長、久遠美保のもとに身を寄せる。一方、裏社会で傀儡師として有名な御門竜也は、久遠美保殺害の依頼を受ける。そのためには小鉄が障害になると考えた竜也は、小鉄を狙う。だが、何度か対決して行くうちに、2人は徐々に意識しあう仲になってしまう。やがて、依頼人が自殺したことにより、竜也は小鉄を狙う理由はなくなった。以後竜也は小鉄の味方になるとともに、2人の仲も次第に深まる。そんな中、東西に分かれた裏社会のうち、竜也たちの属する東側に、西側の人間である影鰐が入りこんでくる。これがきっかけで東西の裏社会どうしで騒動が起き、小鉄たちもその中に巻き込まれていく。様々な難敵との闘いや出来事の末、裏社会の騒動は東側の勝利に終わった。
妖怪界の刑事・ドロは妖怪総理大臣を決めるという格闘技大会への出場を、ゲーム一作目の主人公でもあった妖怪退治人・剣野舞に依頼する。だが、自分に降りかかった火の粉でもない事件なので、まったく興味を示さない舞。そんな様子を見ていた舞の妹、光が口を挟んできた。そこでドロは光をおだて、魔剣道2号として大会へ出場させようとする。一方、とある一角では妖怪がひとりの少年を改造し、人間界を支配せんと企んでいた……。
本片为美国时代华纳公司旗下的Cartoon Network推出的动画长篇，1998年播映了完整的动画片。位于美国的小镇村里来了一位神秘的尤教授，秉着一颗让世界更美好的心，尤教授通过科学实验，制造出了三个拥有超自然力量的完美女孩——泡泡、毛毛、花花，泡泡比较天真和乐天开朗，毛毛比较暴躁和爱美，花花则是领袖及代言人，她们三人组成了惩奸除恶的“飞天小女警”组合。在小镇村内设有专线供村民呼叫飞天小女警来寻求帮助，飞天小女警的主要任务就是与魔猴啾啾（Mojo jojo）、毛茸怪兽（Fuzzy Lumpkins）、阿米巴帮（the Amoeba boys）、“他”（Him），以及蟑螂教练等一班坏蛋们斗智斗力。
