薄暮时分，江户城下，百物成妖，千妖成群。长崎屋少爷从小体弱多病，某日溜出门走夜路回家，不意撞上杀人凶手，卷入凶案，少爷当如何躲过劫难，妖怪们能否助少爷一臂之力，揭开案件真相……
本片根据张乐平先生同名漫画《三毛从军记》改编而成。 在战争时期，无家可归的三毛参了军。新兵训练开始，矮小的三毛穿着“巨大”的军服站在队列中，显得十分滑稽。军营的生活让三毛一时不能适应，还有一些人故意捉弄三毛，让三毛闹出了许多笑话。但是，三毛凭借自己的机智、勇敢，努力地在部队中生存了下去。三毛做过勤务兵、炊事兵，做事十分勤奋，但也常常好心办坏事，好在部队中有很多善良的人帮助他，克服难关。 作战期间，三毛虽然个子小，但是有勇有谋。歪打正着，虽然闹了些笑话，出了些洋相，但在紧急关头，却也立了大功，成了小英雄。
三年前的8月31日，“侵略者”巨大的母舰突如其来地降临在东京，眼看这个世界即将迎来末日。 自此之后，绝望渐渐地融入了日常生活；大大的飞碟盘旋于空中，今天也依然不变地持续环绕着世界。而在还没有来到世界末日的此刻，小山门出、中川凰兰这两个高中女生的青春时代才正要展开。
