黑礁第二季动画全集讲述了本来是日本第一商社旭日重工的一位普通的公司职员的冈岛绿郎，在担任运输公司的机密光盘的任务中，东西被南中国海一个违法运输公司黑礁抢夺，自己也被绑架。绑架冈岛的黑礁向旭日重工索取赎金，可是却被担心泄露机密的冈岛的上司景山在迫不得已的情况下，采取了抹杀冈岛与光盘的计划，雇请了佣兵部队去袭击了黑礁商会。知道了自己被公司抛弃的事实之后，冈岛向黑礁的成员出谋划策，最终成功地从这次危机中脱逃出来。后来他就在黑礁佣兵船队里做见习水手。