马上步入青春期的虫虫朱尼尔（Junior）在努力让同龄人接纳自己，但因被虫妈妈过度溺爱而常常被同龄人欺负。一天，在努力讨好朋友们时，朱尼尔意外地被铲车带到了地面，由此开始了一场伟大的冒险之旅——不仅是为了成为英雄，而且是为了整个虫虫社会。为了回家和拯救虫族，朱尼尔必须首先学会拥有自尊、信任和结交真正朋友的能力。
为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决定重建失落已久的故土……
